Третий удар свершился, уничтожив человеческую цивиллизацию. Синдзи и Аска выжили, но что их ждет в опустевшем мире? Так ли безнадежно будущее, если существует тот, кто не готов смириться с таким результатом?

Вольное продолжение сюжет сериала и полнометражки повествует о прошлом, будущем и настоящем проекта "Евангелион", и новом герое, который решился бросить вызов могуществу SEELE и лично Икари Гендо.